Consecuente con su filosofía de empresa, la calidad como signo distintivo y hecho diferencial de la Flor de Rute, hemos intentando refrendar esta propuesta con los necesarios avales externos e independientes a nosotros. De esta forma, desde hace casi dos décadas se cuenta con los servicios de un laboratorio independiente (Biomeva, Córdoba) encargados del análisis frecuente y periódico de materias
primas, fabricación, elaboración y envasado del producto.

El convenio firmado con la Mutua Ibermutuamur y con los laboratorios Biomeva contempla y realiza los cursos periódicos y necesarios de información, actualización y formación continua de la plantilla de la empresa.

Haciendo un poco de historia de los certificados de calidad obtenidos decir que La Flor de Rute fue la primera (y casi única) de su sector en obtener el distintivo de calidad Alimentos de Andalucía y que pertenece, como miembro fundador, a la Asociación Empresarial de la Calidad Agroalimentaria Andaluza (Landaluz), que agrupa a las mas destacadas y reconocidas empresas del sector agroalimentario de la
comunidad andaluza.

Fue también de la primeras del sector Dulces de Navidad en reunir los requisitos necesarios para obtener la certificaron bajo la Norma ISO
9002:1994 en el año 2001 certificada por la empresa E.C.A.L. En 2004 dicha certificación pasó a ser concedida por E.Q.A. hasta hoy
actualizada a ISO 9001:2008 y desde 2007 se cuenta asimismo con productos con el sello 'Calidad Certificada' para todos los presentados al pliego de condiciones de Calidad Certificada por el que  reconoce la excelencia de los mejores alimentos andaluces, certificados por S.G.S. Food.